Үндсэн ялгаа – ПГУ-ын праймер ба дарааллын праймер
Молекул биологийн салбарт сүүлийн үеийн хөгжил дэвшлийг дагаад генетикийн янз бүрийн арга техникүүд бий болсон бөгөөд энэ нь сэдвийн янз бүрийн чиглэлийг судлах үйл явцыг хялбар бөгөөд үнэн зөв болгосон. ПГУ болон бусад дараалал тогтоох процедур нь ийм хоёр чухал арга юм. Тэд өөр өөр дэд бүрэлдэхүүн хэсгүүдийг ашигладаг. Праймерууд нь ПГУ болон дараалал тогтоох аргуудын аль алинд нь нийтлэг байдаг үндсэн дэд бүрэлдэхүүн хэсэг гэж тооцогддог. ПГУ-ын праймерууд нь тодорхой ДНХ-ийн дарааллыг олшруулахад ашиглагддаг бол дарааллын праймерууд нь нуклеотидын дарааллын тодорхой дарааллыг илрүүлэх зорилгоор ДНХ-ийн фрагментийг дараалалд оруулахад ашиглагддаг. Энэ бол ПГУ-ын праймер ба дарааллын праймер хоёрын гол ялгаа юм.
ПГУ-ын праймер гэж юу вэ?
Полимеразын гинжин урвал (ПГУ) нь тодорхой ДНХ-ийн сегментийн ганц эсвэл цөөн хувийг олшруулах, олон сая ижил хуулбарыг авах зорилгоор молекул биологийн салбарт ашигладаг генетикийн арга юм. ПГУ-ын урвалд праймерыг оруулаад өөр өөр бүрэлдэхүүн хэсгүүдийг ашигладаг. Праймерууд нь нуклеотидын урт нь 18-25 урттай богино ДНХ-ийн хэлхээ бөгөөд тэдгээр нь олшруулж буй ДНХ-ийн хэсгүүдийн эхлэл ба төгсгөлийн бүсэд нийцдэг. Праймерууд нь урагш болон урвуу праймер байж болно. Эдгээр праймерууд нь ДНХ-ийн фрагментийг тодорхой цэгүүдэд холбож, ДНХ полимеразыг тухайн байрлал дахь тусгай праймертай холбож, ДНХ-ийн шинэ хэлхээний нийлэгжилтийг эхлүүлдэг.
Праймер сонгох нь ПГУ-ын үйл явцын чухал хэсэг юм. Праймерын уртыг сонгох нь чухал юм. Хамгийн тохиромжтой урт нь 18-25 нуклеотид байх болно. Хэрэв урт нь хэтэрхий богино эсвэл хэтэрхий урт байвал праймерууд нь үнэн зөв олшруулахын тулд ДНХ-ийн дараалалд холбогддоггүй. Хэт богино урттай праймерууд нь ДНХ-ийн дарааллын өөр өөр байршилд өвөрмөц бус праймерыг задлахад хүргэдэг.
Зураг 01: ПГУ-ын праймер
Сайн праймер дахь гуанин ба цитозины (GC) агууламж 40-60 хооронд байх ёстой. ПГУ-ын үед праймерыг нөхөх температур ба хайлах температур нь амин чухал хүчин зүйл юм. Хайлах температурыг үнэн зөв тооцоолох ёстой бөгөөд праймерын температур нь хайлах температураас 5 0C бага байх ёстой. Хайлах температур нь 60 ° C ба 75 ° C байх ёстой. Хэт өндөр эсвэл хэт бага температур нь ДНХ полимеразын идэвхийг бууруулна.
Дараалсан праймер гэж юу вэ?
Дараалсан праймерууд нь ДНХ-ийн фрагментийн тодорхой шинж чанарыг илрүүлэх зорилгоор дараалал тогтооход хэрэглэгддэг. Сайн дарааллын үр дүнд хүрэхийн тулд өндөр чанартай праймер, загвар нь чухал юм. Тиймээс, праймеруудыг сонгохдоо тэдгээр нь бидний дарааллыг эрэлхийлэхийг хүссэн тодорхой бүс нутагт өвөрмөц байх ёстой. Энэ нь зөв чиг баримжаатай байх ёстой бөгөөд дараалал нь ихэвчлэн праймеруудын 3'-аас 5' төгсгөл хүртэл үүсдэг. Дараалал нь үсний хавчаар гогцоо үүсэх гэх мэт хүсээгүй өөрөө эрлийзжихгүй байх ёстой. Энэ нь дараалсан гуанин суурь үүсэх ёсгүй.
Праймерын хайлах температур (Tm) нь дарааллын нөхцөлд тохирсон байх ёстой. Тиймээс энэ нь 52oC болон 74oC хооронд байх ёстой. Праймер болгон ашиглах олигонуклеотидын бэлдмэлийг хүссэн дарааллыг бүрэн хэмжээгээр авахын тулд цэвэршүүлэх шаардлагатай. Хэрэв олигонуклеотидууд нь хольцтой бол праймерын дарааллын дохиолол нь өөр өөр праймерын цэгүүдээс давхцаж, үндсэн эсийн тоог бууруулна.
Зураг 02: Праймеруудын дараалал
Олигонуклеотидын праймер хайлах температур (Tm) нь нэмэлт ДНХ-ийн хэлхээнүүд хоорондоо хэр хүчтэй эрлийзжсэнийг тодорхойлдог. Tm нь ДНХ-ийн дараалал болон давсны концентраци зэрэг хэд хэдэн нөхцөл байдлаас хамаардаг термодинамик тооцоолол гэж үзэж болно. Tm нь ПГУ-ын үед чухал ач холбогдолтой бөгөөд циклийн дараалал гэж нэрлэгддэг хувилбарыг дидеоксинуклеотидээр төгсгөлтэй хэсэг хэсгүүдийг үйлдвэрлэхэд ашигладаг. Энд дараалсан праймерыг эхлээд өөр аргаар нөхөж, дараа нь сунгаж, эцэст нь олшруулах зорилгоор денатурат хийнэ. Тиймээс Tm утга нь 52oC ба 74o C хооронд байх ёстой. Синтездүүлсэн олигонуклеотидыг ДНХ/РНХ синтезийн лабораториос авч болно. сонголт. ДНХ-ийн дараалал тогтооход ашигладаг жижиг хэмжээний синтез нь ихэвчлэн 50 нмоль байдаг. Мөн хамгийн чухал нь дараалалд ашигладаг праймерууд нь чанар муудахаас сэргийлж бохирдлоос ангид байх ёстой.
ПГУ-ын праймерууд болон дараалсан праймеруудын хооронд ямар төстэй зүйл байдаг вэ?
- ПГУ-ын праймер болон дарааллын праймер хоёулаа зорилтот ДНХ-ийн дарааллыг олшруулах процесст ашигладаг праймерууд юм.
- ПГУ-ын праймер болон дарааллын праймер хоёулаа нуклеотидуудаас тогтдог.
- ПГУ-ын праймер болон дарааллын праймер хоёулаа богино олигомерууд юм.
ПГУ-ын праймер ба дарааллын праймер хоёрын ялгаа юу вэ?
ПГУ-ын праймер ба дарааллын праймер |
|
| ПГУ-ын праймерууд нь нуклеотидын дарааллын 18-25 урттай богино ДНХ-ийн хэлхээ бөгөөд тэдгээр нь олшруулж буй ДНХ-ийн хэсгүүдийн эхлэл ба төгсгөлийн бүсэд нийцдэг. | Дараалах праймерууд нь ДНХ-ийн фрагментийг тодорхой шинж чанарыг нь илрүүлэх зорилгоор дараалал тогтооход хэрэглэгддэг богино олигомерууд юм. |
| Функц | |
| ПГУ-ын праймерыг тодорхой ДНХ-ийн дарааллыг олшруулахад ашигладаг. | Дараалах праймерыг ДНХ-ийн фрагментийн тодорхой шинж чанарыг илрүүлэх зорилгоор дараалал тогтооход ашигладаг. |
| Шаардлагатай праймерын тоо | |
| Хоёр праймер; Нэг урагшлах праймер ба нэг урвуу праймерыг ПГУ-ын праймер болгон ашигладаг. | Дараалсан праймерын хувьд зөвхөн нэг праймер хэрэгтэй. |
Хураангуй – ПГУ-ын праймер ба дарааллын праймер
Дараалсан праймерууд нь ДНХ-ийн фрагментийн тодорхой шинж чанарыг илрүүлэх зорилгоор дараалал тогтооход хэрэглэгддэг. Процессыг ажиллуулахын тулд нэг дарааллын праймер хангалттай байх болно. Сайн дарааллын үр дүнд хүрэхийн тулд өндөр чанартай праймер болон загварууд нь чухал юм. Тиймээс, праймеруудыг сонгохдоо тэдгээр нь бидний дарааллыг эрэлхийлэхийг хүссэн тодорхой бүс нутагт өвөрмөц байх ёстой. ПГУ-ын праймерууд нь 18-25 урттай нуклеотидын урттай ДНХ-ийн богино хэлхээ бөгөөд олшруулж буй ДНХ-ийн хэсгүүдийн эхлэл ба төгсгөлийн бүсэд нийцдэг. ПГУ-ын праймерууд нь урагш болон урвуу праймер байж болно. Сайн праймер дахь гуанин ба цитозины (GC) агууламж 40-60 хооронд байх ёстой. ПГУ-ын үед праймерыг нөхөх температур ба хайлах температур нь амин чухал үзүүлэлт юм. Энэ бол ПГУ-ын праймер болон дарааллын праймер хоёрын ялгаа юм.
