Гол ялгаа – SYBR Green vs Taqman
SYBR Green болон Taqman нь бодит цагийн ПГУ-ын олшруулах процессыг илрүүлэх эсвэл үзэх хоёр арга юм. SYBR Green нь нуклейн хүчлээр будагч бодисыг хооронд нь холих, харин Такман нь гидролизийн датчик дээр суурилсан арга юм. Хоёр технологи хоёулаа ПГУ-ын үед флюресценц үүсгэх зориулалттай бөгөөд энэ нь бодит цагийн ПГУ-ын машинд "бодит цаг хугацаанд" урвалыг хянах боломжийг олгодог. SYBR Green аргыг SYBR ногоон гэж нэрлэгддэг флюресцент будагч бодис ашиглан хийдэг бөгөөд будгийг үйлдвэрлэсэн давхар судалтай ДНХ-тэй холбож олшруулалтыг илрүүлдэг. Такман нь хос шошготой датчик ашиглан хийгддэг бөгөөд датчикийг Taq полимеразаар задалж, флюорофор ялгаруулах замаар олшруулалтыг илрүүлдэг. Энэ бол SYBR Green болон Taqman хоёрын гол ялгаа юм.
SYBR Green гэж юу вэ?
SYBR Green нь нуклейн хүчлийг, ялангуяа молекул биологийн давхар судалтай ДНХ-г будахад ашигладаг флюресцент будаг юм. SYBR Green аргыг бодит цагийн ПГУ-ын үед ПГУ-ын бүтээгдэхүүний хэмжээг тодорхойлоход ашигладаг. ДНХ-тэй холбогдсны дараа үүссэн ДНХ-будагны цогцолбор нь цэнхэр гэрлийг шингээж, хүчтэй ногоон гэрлийг ялгаруулдаг. Энэ нь давхар судалтай ДНХ-тэй холбогдон будгийн молекулд бүтцийн өөрчлөлтийн улмаас үүсдэг. ПГУ нь улам олон ДНХ үүсгэх үед илүү олон будгийн молекулууд ДНХ-тэй холбогдож, илүү их флюресцент үүсгэдэг. Тиймээс Флюресцент нь ПГУ-ын бүтээгдэхүүний хуримтлалаар нэмэгддэг. Тиймээс ПГУ-ын бүтээгдэхүүний хэмжээг SYBR Green флюресценц илрүүлэгчээр тоон байдлаар хэмжиж болно.
SYBR ногоон будгийг мөн цитометр болон флюресцент микроскопоор ДНХ-ийн шошголоход ашиглаж болно. Этидиум бромидыг гель электрофорезийн ДНХ-ийн дүрслэлд устгахад асуудал үүсгэдэг хорт хавдар үүсгэгч будагч бодис тул SYBR Green-ээр амжилттай сольсон.
SYBR ногоон аргын давуу болон сул талууд бий. Энэ арга нь маш мэдрэмтгий, хямд, хэрэглэхэд хялбар юм. Гэсэн хэдий ч ямар ч давхар судалтай ДНХ-тэй холбогдох чадвартай тул өвөрмөц бус холболт нь ПГУ-ын бүтээгдэхүүний тоо хэмжээг хэтрүүлэхэд хүргэдэг.
Зураг 01: SYBR Green Technique
Такман гэж юу вэ?
Такман нь бодит цагийн ПГУ-ын үйл явцыг хянах SYBR Green-ээс өөр арга юм. Энэ арга нь шинэ хэлхээг сунгах, флюрофор ялгаруулах явцад датчикуудыг задлахын тулд Taq полимеразын ферментийн 5' – 3' экзонуклеазын идэвхжилээс хамаардаг. Энэ аргад давхар шошготой датчикуудыг ашигладаг бөгөөд энэ нь зондуудын гидролиз дээр суурилдаг. Зондууд нь флюресцентээр хаяглагдсан ДНХ олигонуклеотидууд бөгөөд 5' төгсгөлд флюресцент сурвалжлагч молекул (флюорофор), 3' төгсгөлд унтраагч молекул байдаг. Эдгээр нь праймерын ангалын эсрэг талд байрлах нэг судалтай загварт холбох зориулалттай. Так полимераз нь праймерт нуклеотид нэмж, шинэ хэлхээг давхар шошготой датчик руу сунгадаг. Так полимераз нь датчиктай таарсны дараа Taq полимеразын экзонуклеазын үйлдэл нь мэдрэгчийг идэвхжүүлж, доройтуулдаг. Шинэ хэлхээний нийлэгжилтийг дуусгасны дараа датчик бүрэн доройтолд орж, флюорофор ялгардаг. Флуорофор ялгарах нь флюресцент үүсгэдэг. Флюресцент бөхөөх молекул нь ялгарсан гэрлийг үр дүнтэй унтрааж, ПГУ-ын бүтээгдэхүүний тоон үзүүлэлтийг бий болгодог. Флуорофорын ялгаралт ба ПГУ-ын бүтээгдэхүүний хэмжээ пропорциональ байна. Тиймээс Такманы аргаар тоо хэмжээг хялбархан хийж болно.
Зураг 02: Такман арга
Такман аргыг бодит цагийн ПГУ, генийн илэрхийлэл, генетикийн полиморфизм илрүүлэх, хромосомын ДНХ-ийн устгалын тоо хэмжээг тодорхойлох, нян тодорхойлох, бичил массивын шинжилгээг баталгаажуулах, SNP генотип тогтоох зэрэгт ашигладаг.
SYBR ногоон болон Такман хоёрын ялгаа юу вэ?
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green нь ДНХ холбогч будаг дээр суурилдаг. | Такман нь эрлийзжих датчик ба Так полимеразын 5'-3' экзонуклеазын идэвхжилээс хамаарна. |
| Флюресцент шошготой датчик | |
| Флюресцент хаяглагдсан датчик шаардлагагүй. | Хос шошготой датчик шаардлагатай. |
| Олон талт генийн шинжилгээ | |
| Үүнийг мультиплекс генийн зорилтод ашиглах боломжгүй. | Үүнийг мультиплекс генийн зорилтод ашиглаж болно. |
| Зардал | |
| Энэ нь бага үнэтэй. | Энэ илүү үнэтэй. |
| Онцгой байдал | |
| Энэ нь бага өвөрмөц бөгөөд ямар ч давхар хэлхээтэй ДНХ-тэй холбогддог | Сондон нь тодорхой өсгөлтийн бүтээгдэхүүнийг илрүүлдэг тул эдгээр нь маш өвөрмөц юм. |
| Үр дүнтэй байдал | |
| Энэ нь үр дүн багатай. | Энэ маш үр дүнтэй. |
| Програм | |
| Энэ нь бодит цагийн ПГУ, агароз гель дүрслэл, ДНХ шошгололт зэрэгт ашиглагддаг. | Энэ нь бодит цагийн ПГУ, генийн илэрхийллийн тоон үзүүлэлт, генетикийн полиморфизм илрүүлэх гэх мэтэд ашиглагддаг. |
Хураангуй – SYBR Green and Taqman
Такман ба SYBR ногоон нь бодит цагийн ПГУ-д (тоон ПГУ) ашигладаг хоёр арга юм. Энэ хоёр арга нь ПГУ-ын бүтээгдэхүүний хэмжээг үр дүнтэй тодорхойлох боломжийг олгодог бөгөөд флюресценцийн ялгаралд тулгуурладаг. Такман арга нь хуримтлагдсан ДНХ-ийг илрүүлэхийн тулд хоёр шошготой датчик ашигладаг бол SYBR Green арга нь флюресцент будгийг ашигладаг. Эдгээр аргууд хоёулаа молекул биологид өөр өөр хэрэглээтэй.
