BLAST болон FastA хоёрын гол ялгаа нь BLAST нь Биотехнологийн мэдээллийн үндэсний төвийн вэб сайтад байдаг үндсэн тохируулгын хэрэгсэл бол FastA нь Европын Био мэдээлэл зүйн хүрээлэнгийн вэбсайтаас ижил төстэй байдлыг хайх хэрэгсэл юм.
BLAST болон FastA нь янз бүрийн зүйлийн ДНХ, амин хүчил, уураг, нуклеотидын биологийн дарааллыг харьцуулж, тэдгээрийн ижил төстэй байдлыг хайхад өргөн хэрэглэгддэг хоёр программ хангамж юм. Эдгээр алгоритмуудыг хурдыг анхаарч бичсэн. Учир нь 1980-аад оны дундуур эрдэмтэд ДНХ-ийг лабораторид тусгаарлаж чадсанаар цаашдын судалгаанд зориулж ижил генийг харьцуулж, өндөр хурдтайгаар олох хэрэгцээ гарч иржээ. Иймээс эдгээр хоёр программ хангамжийг хэрэглэгч өөрийн асуулгын дарааллаар ижил төстэй дарааллыг хурдан хайж олох боломжтой байдлаар бүтээгдсэн.
BLAST нь үндсэн Local Alignment Search Tool гэсэн үгийн товчлол бөгөөд хоёр дарааллыг харьцуулахдаа нутагшуулсан аргыг ашигладаг. FastA нь Fast A-д хамаарах програм хангамж бөгөөд A нь Бүгдийг илэрхийлдэг. Энд програм хангамж нь ДНХ-ийн дараалалд зориулсан Fast A, уургийн хувьд Fast P зэрэг цагаан толгойн үсгээр ажилладаг. BLAST болон FastA аль аль нь ямар ч геномын мэдээллийн санг харьцуулахдаа маш хурдан байдаг тул мөнгө болон цаг хэмнэх тал дээр маш үр дүнтэй байдаг.
BLAST гэж юу вэ?
BLAST нь 1990 онд бүтээгдсэн биоинформатикийн хамгийн өргөн хэрэглэгддэг программ хангамжуудын нэг юм. Тэр цагаас хойш NCBI сайтын хүн бүр ашиглах боломжтой болсон. Цаашилбал, ямар ч хүн энэ програм хангамжид нэвтэрч, ашиглах боломжтой. Нэмж дурдахад BLAST нь FastA форматаар өгөгдөл эсвэл дараалал оруулах шаардлагатай програм хангамж юм. Гэхдээ энэ нь гаралтын өгөгдлийг энгийн текст, HTML эсвэл XML форматаар өгдөг. BLAST нь хоёр дарааллын хоорондох орон нутгийн ижил төстэй байдлыг хайж, ижил төстэй дарааллыг товч жагсаах зарчмаар ажилладаг бөгөөд үүний дараа ойролцоох ижил төстэй байдлыг хайдаг.
Зураг 01: ТАСРАЛТЫН илэрц
Тиймээс энэ программ хангамж нь ижил төстэй орон нутгийн олон тооны бүс нутгийг хайж, босго утгад хүрэх үр дүнг өгдөг. Гэхдээ энэ процесс нь эхлээд дарааллыг бүхэлд нь хайж, дараа нь харьцуулалт хийдэг өмнөх программ хангамжаас ялгаатай тул маш их цаг зарцуулдаг.
Дээрх ижил төстэй байдлыг шалгахаас гадна BLAST нь ДНХ-ийн зураглал хийх, өөр зүйлийн хоёр ижил генийг харьцуулах, филогенетик мод үүсгэх гэх мэт өөр олон хэрэглээтэй.
FastA гэж юу вэ?
FastA нь уургийн дарааллыг тохируулах програм хангамж юм. Дэвид Ж. Липман, Уильям Р. Пирсон нар 1985 онд энэ программ хангамжийг тайлбарласан. Энэхүү программ хангамжийг анхлан зөвхөн уургийн дарааллыг харьцуулах зорилготой байсан ч түүний өөрчлөгдсөн хувилбар нь ДНХ-ийн дарааллыг харьцуулах боломжтой болсон. Энд энэ программ нь хоёр дарааллын ижил төстэй байдлыг статистик байдлаар олох зарчмыг ашигладаг. Энэ нь ДНХ эсвэл уургийн нэг дарааллыг орон нутгийн дарааллаар тохируулах аргаар өөр дараалалтай тааруулдаг.
Зураг 02: FastA
Гэхдээ энэ нь ижил төстэй байдлын үүднээс орон нутгийн бүс нутгийг хайдаг боловч хоёр дарааллын хоорондох хамгийн сайн тохирохгүй. Энэ программ хангамж нь орон нутгийн ижил төстэй байдлыг үе үе харьцуулдаг тул таарахгүй байж болно. Дараалалд FastA нь k-tuple гэж нэрлэгддэг жижиг хэсгийг авдаг бөгөөд энд 1-ээс 6 хүртэлх тоонууд байж болох ба бусад дарааллын k-tuple-уудтай таарч байна. Тохируулах процессын төгсгөлд босго утгад хүрэхэд үр дүнг гаргана.
BLAST болон FastA хоёрын ижил төстэй зүйл юу вэ?
- BLAST болон FastA нь уураг болон ДНХ-ийн дарааллыг ижил төстэй байдлаар харьцуулахад ашигладаг биоинформатик хэрэгсэл юм.
- Мөн хоёр программ нь дарааллын хооронд харьцуулалт хийхийн тулд онооны стратеги ашигладаг.
- Цаашилбал, хоёр хэрэгсэл хоёулаа өндөр нарийвчлалтай үр дүн гаргадаг.
BLAST болон FastA хоёрын ялгаа юу вэ?
BLAST нь биологийн дараалал хоорондын ижил төстэй байдлыг шалгах хэрэгсэл юм. Нөгөө талаар FastA бол уураг ба ДНХ-ийн дарааллын ижил төстэй байдлыг шалгах өөр нэг програм юм. Гэсэн хэдий ч FastA-тай харьцуулахад BLAST програм хангамж нь илүү нарийвчлалтай, хурдан үр дүнг гаргадаг тул маш их алдартай байдаг. Тиймээс энэ нь BLAST болон FastA хоёрын ялгаа юм. Цаашилбал, FastA-аас ялгаатай нь BLAST програмыг хэрэглэгчийн хэрэгцээ шаардлагад нийцүүлэн өөрчлөх боломжтой. Тиймээс энэ нь BLAST болон FastA хоёрын өөр нэг ялгаа юм.
BLAST болон FastA-ийн ялгааны талаарх доорх инфографик нь илүү дэлгэрэнгүй мэдээллийг өгдөг.
Хураангуй – BLAST vs FastA
BLAST болон FastA нь хэрэглэгч өөрийн хүсэлтийн дарааллыг одоо байгаа мэдээллийн сан дахь дараалалтай харьцуулж, ижил төстэй байдлыг шалгах боломжийг олгодог хоёр програм юм. FastA-ийн анхны зорилго нь зөвхөн уургийн дарааллыг харьцуулах явдал байв. Гэхдээ энэ програм хангамжийн өөрчлөгдсөн хувилбар нь уураг болон ДНХ-ийн дарааллыг харьцуулах боломжийг олгодог. Хэдийгээр FastA нь сайн программ хангамж боловч FastA-аас илүү алдартай бөгөөд илүү нарийвчлалтай, хурдан үр дүнг гаргадаг тул ихэнх хүмүүс BLAST alignment хэрэгслийг ашигладаг. Мөн BLAST хэрэгслийг хэрэглэгчийн шаардлагад нийцүүлэн өөрчлөх боломжтой. Товчхондоо энэ нь BLAST болон FastA хоёрын ялгааг нэгтгэн харуулав.
