Үндсэн ялгаа – RAPD ба RFLP
Генетик маркеруудыг молекул биологид хувь хүн болон зүйлийн генетикийн өөрчлөлтийг тодорхойлоход ашигладаг. Санамсаргүй олшруулсан полиморф ДНХ (RAPD) ба Хязгаарлалтын фрагментийн урт полиморфизм (RFLP) нь лабораторид тогтмол хэрэглэгддэг хоёр чухал молекулын маркер юм. RAPD нь богино болон дурын олигонуклеотидын праймеруудаар хийгддэг бөгөөд энэ нь организмын загвар ДНХ-ийн олон байршлыг санамсаргүй олшруулахад суурилдаг. RFLP нь тусгай хязгаарлалтын эндонуклеазаар хийгддэг бөгөөд энэ нь үр дүнд бий болсон хязгаарлалтын фрагмент ба эрлийзжилтийн полиморфизм дээр суурилдаг. RAPL болон RFLP хоёрын гол ялгаа нь RAPD нь өмнөх дарааллын мэдлэггүйгээр хийгддэг ПГУ-ын нэг төрөл бөгөөд RFLP нь ПГУ-д оролцдоггүй бөгөөд техникийг хэрэгжүүлэхийн тулд дарааллын өмнөх мэдлэг шаарддаг.
RAPD гэж юу вэ?
RAPD нь молекул биологид хэрэгтэй молекул маркер юм. Энэ бол хурдан бөгөөд хялбар техник юм. RAPD нь зорилтот ДНХ-ийн загварын олон байршлыг санамсаргүй олшруулсны үр дүнд полиморф ДНХ-ийн дараалал үүсгэдэг арга гэж тодорхойлж болно. RAPD нь ПГУ-ын олшруулалтад дурын дараалал бүхий богино олигонуклеотид праймеруудыг ашигладаг. Праймерууд нь дарааллын талаархи мэдлэггүйгээр зохиомлоор нийлэгждэг. Тиймээс үүнийг хялбар бөгөөд ашигтай техник гэж үздэг.
RAPD-д дараах үндсэн алхмууд орно.
- Зорилтот ДНХ-ийн задрал
- Санамсаргүй сонгосон праймер ашиглан зорилтот ДНХ-ийн олон байршлыг олшруулах
- Өшгөн ПГУ-ын бүтээгдэхүүний гель электрофорез
- Этидий бромидоор будаж, полиморфизм тодорхойлох
Праймерын задралын өөрчлөлтийн үр дүнд олшруулах явцад өөр өөр урттай өөр өөр хэлтэрхийнүүд үүсдэг. Тиймээс гель дээрх туузан хэв маяг нь хувь хүн, төрөл зүйлийн хувьд өөр өөр байдаг. Тиймээс RAPD нь организмуудын генетикийн өөрчлөлтийг таних, ялгах боломжийг олгодог.
RAPD-ийг молекул биологийн янз бүрийн судалгаанд ашигладаг, тухайлбал, ойрын төрөл зүйлийн хоорондын генетикийн ялгааг тодорхойлох, генийн зураглал, ДНХ-ийн хурууны хээ, удамшлын өвчнийг тодорхойлох гэх мэт.
Зураг 01: RAPD
RFLP гэж юу вэ?
Хязгаарлалтын фрагментийн урт полиморфизм (RFLPs) нь гомолог ДНХ-ийн дарааллын генетикийн өөрчлөлтийг тодорхойлоход зориулагдсан молекулын маркер юм. Энэ нь ДНХ-ийн хурууны хээг тогтооход зориулагдсан анхны генетикийн маркер юм. Бүх организмууд тусгай хязгаарлалтын ферментүүдээр хязгаарлагдах үед өвөрмөц ДНХ-ийн профайлыг үүсгэдэг. RFLP нь хувь хүмүүсийн өвөрмөц ДНХ-ийн профайлыг бий болгох, тэдгээрийн генетикийн өөрчлөлтийг илрүүлэх чухал хэрэгсэл болдог. ДНХ-ийн дээжийг хязгаарлах тусгай эндонуклеазуудаар шингээж авах үед энэ нь хүн бүрт өвөрмөц байдаг өөр өөр ДНХ-ийн профайлыг үүсгэдэг. Иймээс энэ аргын гол зорилго нь гомолог ДНХ-ийг тусгай хязгаарлах ферментээр хязгаарлаж, гель электрофорез, блтинг ашиглан фрагментийн уртын полиморфизмыг шинжлэх замаар организмын генетикийн өөрчлөлтийг илрүүлэх явдал юм. Blotting загвар нь организм бүрт өвөрмөц бөгөөд тодорхой генотипийг тодорхойлдог.
RFLP-д дараах алхмууд орно.
- Дээжээс хангалттай хэмжээний ДНХ тусгаарлах
- ДНХ-ийн дээжийг тусгай хязгаарлалтын эндонуклеазуудаар богино дараалалд хуваах
- Үүссэн хэсгүүдийг өөр өөр урттай агароз гель электрофорезоор салгах.
- Гель профайлыг Southern blotting-ээр мембран руу шилжүүлэх
- Мембраныг шошготой датчикаар эрлийзжүүлэх ба профайл тус бүрийн фрагментийн уртын полиморфизмын шинжилгээ
RFLP нь удамшлын өвчний оношлогоо, геномын зураглал, шүүх эмнэлгийн судалгаанд гэмт хэрэг илрүүлэх, эцэг тогтоох шинжилгээ гэх мэт төрөл бүрийн хэрэглээтэй.
Зураг 02: RFLP генотип
RAPD болон RFLP хоёрын ялгаа нь юу вэ?
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD нь санамсаргүй праймер болон ПГУ-д суурилсан молекул маркер юм. | RFLP нь өөр өөр урттай хязгаарлалтын фрагмент үйлдвэрлэхэд үндэслэсэн молекулын маркер юм. |
| Шаардлагатай дээж | |
| Жижиг ДНХ дээж RAPD шинжилгээнд хангалттай. | RFLP шинжилгээнд их хэмжээний ДНХ-ийн дээж шаардлагатай. |
| Цаг | |
| RAPD бол хурдан процесс юм. | RFLP нь цаг хугацаа шаардсан процесс юм. |
| Праймер хэрэглээ | |
| Санамсаргүй праймерыг ашигладаг бөгөөд ижил праймерыг өөр өөр зүйлд ашиглаж болно. | Зүйлийн тусгай датчикийг RFLP-д эрлийзжүүлэхэд ашигладаг. |
| Найдвартай | |
| Техникийн найдвартай байдал нь RFLP-тэй харьцуулахад бага байна. | RFLP бол найдвартай техник юм. |
| Blotting | |
| RAPD нь өмнөд хэсгийн толбо үүсгэдэг. | Southern blotting нь RFLP-ийн нэг алхам юм. |
| Аллелийн өөрчлөлтийг илрүүлэх | |
| Аллелийн өөрчлөлтийг RAPD-ээр илрүүлэх боломжгүй. | Аллелийн өөрчлөлтийг RFLP-ээр илрүүлэх боломжтой. |
| Дарааллын мэдлэг хэрэгтэй | |
| RAPD нь өмнөх дарааллын мэдлэг шаарддаггүй. | Өмнөх дарааллын мэдлэгийг датчик зохион бүтээхэд шаардлагатай. |
| ПГУ | |
| ПГУ нь RAPD-д оролцдог | ПГУ нь RFLP-д хамаарахгүй. |
| Дахин үйлдвэрлэх чадвар | |
| RAPD нь давтагдах чадвар багатай | RFLP нь RAPD-тай харьцуулахад өндөр давтагдах чадвартай. |
Хураангуй – RAPD ба RFLP
RAPD болон RFLP нь молекул биологид хэрэглэгддэг чухал маркерууд юм. Хоёр арга нь организмын генетикийн өөрчлөлтийг илрүүлэх чадвартай. RAPD нь санамсаргүй праймер ашиглан хийгддэг. RFLP-ийг тусгай хязгаарлалтын фермент ашиглан гүйцэтгэдэг. Хоёр арга нь бие даасан организмд өвөрмөц ДНХ-ийн профайлыг үүсгэдэг. RAPD нь RFLP-тэй харьцуулахад цөөн хэдэн үе шаттай байдаг. Гэхдээ энэ нь RFLP-ээс бага найдвартай, давтагдах үр дүнг өгдөг. Энэ нь RAPD болон RFLP хоёрын гол ялгаа юм.
