dNTP ба ddNTP-ийн гол ялгаа нь dNTP буюу дезоксирибонуклеотидууд нь ДНХ-ийн барилгын материал бөгөөд пентозын сахарын бүтцэд 3′-OH бүлэг агуулагддаг бол ddNTP буюу дидеоксинуклеозид трифосфатууд нь 3′-OH бүлэггүй нуклеотид бөгөөд тэдгээр нь өөр өөр урттай ДНХ дараалал үүсгэхийн тулд Sanger dideoxy ДНХ дарааллын техникт ашигладаг.
dNTP ба ddNTP нь нуклеотид юм. dNTP нь дезоксирибоз нуклеотидыг хэлдэг. Эдгээр нь ДНХ-ийн барилгын материал юм. dNTPs нь ДНХ-ийг нэгтгэхэд ашиглагддаг. Харин dNTP нь дидеоксинуклеозид трифосфатуудыг хэлдэг. Тэдгээрийг өөр өөр урттай ДНХ-ийн синтезийг зогсоохын тулд Sanger дараалалд ашигладаг. Тэдэнд 3' байрлалд OH бүлэг байхгүй. Устөрөгч нь OH бүлгийн оронд 3' байрлалд байдаг. Тиймээс ddNTP нь дараагийн нуклеотидтэй фосфодиэфирийн холбоо үүсгэх боломжгүй байдаг. dNTP нь ДНХ-ийн нийлэгжилтийг гүйцэтгэх чадвартай бол ddNTP нь ДНХ-ийн полимержилтийг зогсоох чадвартай.
dNTP гэж юу вэ?
dNTP нь дезоксирибоз нуклеотид эсвэл дезоксирибонуклеотид гэсэн үг. Энэ нь ДНХ-ийн барилгын материал юм. Дөрвөн төрлийн dNTP байдаг. Эдгээр нь dATP, dTTP, dCTP, dGTP юм. Тэдгээрийг пурин эсвэл пиримидины азотын суурийн дагуу нэрлэсэн: Аденин (A), Гуанин (G), Тимин (Т) ба Цитозин (C).
Зураг 01: dNTP
Аденин ба гуанин нь пурины суурь, тимин, цитозин нь пиримидины суурь юм. dNTP-ийн пентозын сахар нь дезоксирибоз юм. Мөн фосфатын бүлэг байдаг. Тиймээс dNTP нь азотын суурь, дезоксирибоз элсэн чихэр, фосфатын бүлэг гэсэн гурван бүрэлдэхүүн хэсгээс бүрдэнэ. Эдгээр dNTP нь фосфодиэфирийн бондоор бие биетэйгээ нийлдэг. dNTP-д пентозын элсэн чихрийн 3-р байрлалд OH бүлэг байдаг бөгөөд энэ нь дараагийн нуклеотидын элсэн чихрийн 5' нүүрстөрөгчтэй холбогдсон фосфатын бүлэгтэй холбоо тогтооход шаардлагатай байдаг. Бүх dNTP нь энэ 3ʹ-OH бүлэгтэй тул ДНХ-ийн хэлхээг нэгтгэж, сунгах чадвартай. Тиймээс dNTP нь ДНХ ба генийн химийн бодисын үндсэн давтагдах нэгжийн үүрэг гүйцэтгэдэг. ДНХ-ийн нийлэгжилт үргэлж 5ʹ-аас 3ʹ хүртэл үргэлжилдэг.
DdNTP гэж юу вэ?
Сэнжер дараалал нь 1977 онд Фредерик Сэнгер болон түүний коллежийн боловсруулсан ДНХ-ийн дараалал тогтоох анхны үеийн арга юм. Энэ аргын үндсэн зарчим нь дидеоксинуклеозид трифосфат ашиглан гинжин хэлхээг таслах явдал тул үүнийг гинжин хэлхээний дараалал эсвэл дидеокси дараалал гэж нэрлэдэг. (ddNTPs). ddNTPs нь Сангерийн дараалалд хэрэглэгддэг нуклеотидууд юм. Сэнгерийн дараалал нь ddNTP-ийг сонгон нэгтгэх, in vitro ДНХ-ийн хуулбарлах явцад ДНХ-ийн синтезийг зогсооход суурилдаг. ddNTP-ийн онцлог нь зэргэлдээх нуклеотидын фосфатын 5' бүлгийн хооронд фосфодиэфирийн холбоо үүсэхийг үргэлжлүүлэхийн тулд пентозын сахар дээр 3′-OH бүлэг байхгүй байдаг. Иймээс ddNTP-ийг сунгасан хэлхээнд залгасны дараа гинжний суналт зогсч, тэр цэгээс дуусна. ddNTPs нь Сангерын дараалал тогтоох аргын үед ДНХ полимеразын гинж уртасгагч дарангуйлагчийн үүрэг гүйцэтгэдэг.
Зураг 02: ddNTP
Sanger дараалалд ашигладаг ddATP, ddCTP, ddGTP болон ddTTP гэсэн дөрвөн ddNTP байдаг. Эдгээр нуклеотидууд нь ДНХ-ийн өсөн нэмэгдэж буй хэлхээнд нэгдэх үед ДНХ-ийн хуулбарлах процессыг зогсоодог. Үүний үр дүнд Сангерын дараалал нь янз бүрийн урттай богино ДНХ үүсгэдэг. Капилляр гель электрофорез нь эдгээр богино ДНХ-ийн хэлхээг гель дээр хэмжээгээр нь зохион байгуулахад ашиглагддаг. ddNTP нь ДНХ-ийн дарааллыг шинжлэхэд хялбар байх үүднээс цацраг идэвхт эсвэл флюресцентээр өөр өөр өнгөөр шошготой байдаг. Гельд шинжилгээ хийснээр үл мэдэгдэх ДНХ-ийн хэлхээний нуклеотидын дарааллыг тодорхойлж болно.
dNTP болон DdNTP хоёрын ижил төстэй зүйл юу вэ?
- Sanger дараалалд dNTP болон ddNTP хоёуланг нь ашигладаг.
- Дөрвөн төрлийн dNTP болон ddNTP байна.
- Тэдгээр нь азотын суурь, дезоксирибоз элсэн чихэр, фосфатын бүлэг гэсэн гурван бүрэлдэхүүн хэсгээс бүрдэнэ.
dNTP болон DdNTP хоёрын ялгаа юу вэ?
dNTP нь ДНХ-ийн барилгын материал болох дөрвөн төрлийн дезоксирибонуклеотидын нэг юм. ddNTP нь Сангерын дарааллын техникт хэрэглэгддэг дөрвөн төрлийн дидеоксирибонуклеозидын трифосфатын нэг юм. dNTP нь пентозын сахар дээр 3ʹ-OH бүлэгтэй байдаг бол ddNTP нь пентозын сахар дээр 3ʹ-OH бүлэггүй байдаг. Тиймээс энэ нь dNTP ба ddNTP хоёрын гол ялгаа юм. Түүнчлэн, dNTP нь ДНХ полимержилтыг гүйцэтгэдэг бол ddNTP нь ДНХ полимержилтыг зогсоодог. Тиймээс энэ нь dNTP болон ddNTP хоёрын өөр нэг гол ялгаа юм.
Доорх инфографик нь dNTP болон ddNTP-ийн ялгааг хүснэгт хэлбэрээр жагсаасан болно.
Хураангуй – dNTP vs DdNTP
Хэвийн dNTP нь ДНХ-ийн барилгын материал бөгөөд ddNTP нь Сангерын дарааллын техникт хэрэглэгддэг нуклеотидууд юм. dNTP нь 3ʹ-OH-тэй байхад ddNTP-д 3ʹ-OH байхгүй. Тиймээс энэ нь dNTP ба ddNTP хоёрын гол ялгаа юм. Түүнчлэн dNTP нь ДНХ-ийн хэлхээг нэгтгэж чаддаг бол ddNTP нь ДНХ-ийн полимержилтийг зогсоож чаддаг. Тиймээс ddNTPs нь янз бүрийн урттай өөр өөр ДНХ-ийн хэлхээ үүсгэхийн тулд Sanger дараалалд ашиглагддаг. Sanger дарааллын үед dNTP болон ddNTP хоёуланг нь багтаасан болно.
