Үндсэн ялгаа – Урагш болон урвуу праймер
Полимеразын гинжин урвал (ПГУ) нь молекул биологийн хэрэглээнд хэрэглэгддэг ДНХ-ийг олшруулах арга юм. Энэ нь ялангуяа сонирхолтой ДНХ-ийн дарааллыг хэдэн саяас хэдэн тэрбумаар хуулбарладаг түгээмэл хэрэглэгддэг техник юм. Энэ нь лабораторид хийгддэг in vitro арга юм. ПГУ-ын техник нь Так полимераз гэж нэрлэгддэг ДНХ полимеразаас бүрэн хамаардаг. Мөн энэ нь бусад хэд хэдэн бүрэлдэхүүн хэсэг, зохих температурын засвар үйлчилгээ шаарддаг. Нэг чухал бүрэлдэхүүн хэсэг нь праймер юм. Праймерууд нь зорилтот ДНХ-ийн дараалалд тусгайлан зориулагдсан богино ДНХ-ийн дараалал юм. Тэдгээрийн урт нь ихэвчлэн 20 орчим нуклеотид байдаг. Так полимераз нь нуклеотидын урьд өмнө байгаа нуклеотидын дараалалд нэмэгдэх процессыг хурдасгадаг. Тиймээс праймерууд нь шинэ хэлхээний синтезийн эхлэлийн цэг болдог. Так полимераз нь зөвхөн 5'-аас 3' чиглэлд ажилладаг тул ДНХ-ийн нийлэгжилт нь 5'-аас 3' чиглэлд явагддаг. ДНХ нь давхар судалтай тул ПГУ-д хоёр төрлийн праймер хэрэгтэй. Тэдгээрийг урагш, урвуу праймер гэж нэрлэдэг. Урагш ба урвуу праймерыг ДНХ-ийн нийлэгжилтийн үед ДНХ дэх праймерын суналтын чиглэлд үндэслэн нэрлэдэг. Урагш праймер нь антисенс ДНХ-ийн хэлхээтэй холбогдож, генийн + ve хэлхээний нийлэгжилтийг 5'-аас 3' чиглэлд эхлүүлнэ. Урвуу праймерыг мэдрэхүйн хэлхээтэй холбож, кодлох хэлхээний нэмэлт хэлхээний синтезийг эхлүүлнэ; Энэ нь генийн хэлхээг 5'-аас 3' чиглэлд чиглүүлдэг. Энэ бол урагшлах болон урвуу праймеруудын гол ялгаа юм.
Forward Primer гэж юу вэ?
Урагшаа чиглүүлэх нь генийн кодын хэлхээ буюу мэдрэхүйн хэлхээний синтез юм. Так полимераз нь 5'-аас 3' чиглэлд шинэ хэлхээний синтезийг хурдасгадаг. Праймер нь кодчилолгүй эсвэл антисенс хэлхээтэй нийлж, 5'-аас 3' чиглэлд сунах үед кодлогч хэлхээний синтез үүсдэг.
Зураг 01: Урагш болон урвуу праймер
Урагшлах праймер нь кодчилол эсвэл генийн эерэг хэлхээний нийлэгжилтийн эхлэлийн цэг болдог тул антисенс хэлхээ эсвэл кодлогддоггүй хэлхээ эсвэл загварын хэлхээтэй хавсардаг праймерыг урагшлах праймер гэж нэрлэдэг. Урагшаа праймер нь антисенс хэлхээний 3' хажуугийн төгсгөлд нэмэлт нуклеотидын богино дараалалтай байдаг. Энэ нь антисенс хэлхээтэй эрлийзжэж, загвар хэлхээнд нэмэлт нуклеотид нэмэхийн тулд Taq полимеразыг идэвхжүүлдэг.
Урвуу праймер гэж юу вэ?
Урвуу праймер нь мэдрэхүйн хэлхээний 3' төгсгөл эсвэл кодлогч хэлхээтэй хавсардаг ДНХ-ийн богино дараалал юм. Урвуу праймер нь кодлох дараалал эсвэл кодчилолгүй дарааллын нэмэлт хэлхээг нэгтгэх эхлэлийн цэг болдог. Урвуу праймер нь кодлох хэлхээний 3' төгсгөлд нэмэлт байдлаар бүтээгдсэн. Иймээс энэ нь кодлогч хэлхээний хажуугийн 3' төгсгөлтэй хавсарч, Taq полимераза нь антисенс хэлхээ эсвэл загвар хэлхээг синтезлэх боломжийг олгодог. Түүний чиг баримжаа нь урвуу байрлалтай тул энэ праймерыг урвуу праймер гэж тэмдэглэсэн.
Урвуу болон урагшлах праймерууд нь ДНХ-ийн зорилтот эсвэл сонирхож буй тодорхой хэсгүүдийн саяас хэдэн тэрбум хуулбарыг үйлдвэрлэхэд чухал үүрэгтэй.
Урагш болон урвуу праймерын хооронд ямар төстэй зүйл байдаг вэ?
- Урагш болон урвуу праймерыг хоёуланг нь олигонуклеотидуудаас хийдэг.
- Урагшаа болон урвуу праймерууд нь ДНХ-ийн давхар хэлхээний хажуугийн төгсгөлд нэмэлт богино нуклеотидын дараалалтай байдаг.
- Урагш болон урвуу праймер хоёулаа ихэвчлэн 20 нуклеотидээс тогтдог.
- Урагш болон урвуу праймерыг полимеразын гинжин урвалд ашигладаг.
- Урагш болон урвуу праймерыг арилжааны зорилгоор нэгтгэдэг.
- Урагш болон урвуу праймер хоёулаа температурын тогтвортой байдал ба тэдгээр нь ихэвчлэн ижил Tm-тэй байдаг.
- Урагшаа болон урвуу праймерыг зорилтот ДНХ-ийн дарааллаар холбодог.
- Урагш болон урвуу праймерууд нь ПГУ-ын урвалын дагуу хийгдсэн.
- Урагш болон урвуу праймерууд нь ДНХ-ийн олшруулалтын эхлэлийн цэг болдог.
- Урвуу болон урагшлах праймер хоёулаа зорилтот эсвэл сонирхож буй ДНХ-ийн дарааллын тодорхой хэсгийг сая хувь болгоход чухал үүрэгтэй.
Урагшаа болон урвуу праймер хоёрын ялгаа юу вэ?
Forward Primer vs Reverse Primer |
|
| Урагшаа праймер нь генийн кодчилолгүй 3' төгсгөл эсвэл загвар хэлхээтэй эрлийзждэг ДНХ-ийн богино дараалал бөгөөд кодлох дарааллыг нэгтгэх эхлэлийн цэг болдог. | Урвуу праймер нь кодчилолын 3' төгсгөл эсвэл загвар бус хэлхээтэй эрлийзждэг богино ДНХ-ийн дараалал бөгөөд кодчилолгүй дарааллыг нэгтгэх эхлэлийн цэг болдог. |
| Ангилах утас | |
| Загвар судалтай урагшлах праймер. | Загваргүй утастай урвуу праймерын үеллүүд. |
| Үр дүнгийн шинэ дараалал | |
| Урагшлах праймер нь кодчиллын дарааллын синтезийг хөнгөвчилдөг. | Урвуу праймер нь кодчилолгүй дарааллын нийлэгжилтийг хөнгөвчилдөг. |
Хураангуй – Урагш болон урвуу праймер
ПГУ-ын техникт хоёр төрлийн праймер оролцдог. Эдгээр нь урагш ба урвуу праймерууд юм. Шинэ ДНХ-ийн хэлхээний синтез дэх праймерын суналт дээр үндэслэн эдгээр праймеруудыг шошго эсвэл нэрлэсэн. Так полимераз нь шинэ ДНХ-ийг 5'-аас 3' чиглэлд нийлэгжүүлдэг. Тиймээс праймерууд нь давхар судлын 3' төгсгөлд нэмэлт байдлаар хийгдсэн байдаг. 5'-аас 3' чиглэлд сунадаг урагшлах праймер нь эсрэг мэдрэмжийн 3' төгсгөл эсвэл загвар эсвэл кодчилолгүй дараалалтай эрлийзждэг. Энэ нь кодчиллын дарааллыг нэгтгэх эхлэлийн цэг болдог. 5'-аас 3' чиглэлд сунадаг урвуу праймер нь кодчилолын 3' төгсгөл эсвэл загвар бус эсвэл мэдрэх утастай эрлийзждэг. Энэ нь кодчилолгүй дарааллыг нэгтгэх эхлэлийн цэг болдог. Энэ бол урагшлах болон урвуу праймерын хоорондох ялгаа юм.
