Контиг ба шат хоорондын гол ялгаа нь контиг нь цоорхойгүй, харин шат нь контиг ба завсраас бүрддэг.
Олон эст организмын геномын дараалал нь нэг эсийн дараалалтай харьцуулахад маш хэцүү байдаг. Бүхэл геномын бууны дараалал нь олон эсийн геномын геномын дараалал тогтоох хялбар бөгөөд хурдан арга юм. Энэ нь олон давхардсан ДНХ-ийн хэлтэрхийг зэрэгцүүлэн эрэмбэлдэг арга юм. Энэ аргын хувьд жижиг хэсгүүдийг том хэсгүүдэд нэгтгэж, дараа нь компьютер ашиглан том хэсгүүдэд нэгтгэдэг. Дараа нь контигуудыг шат болгон угсарч, эцэст нь хромосом болгодог. Тиймээс контиг нь нуклеотидын дарааллын тасралтгүй үргэлжлэх хэсэг бөгөөд шат нь контиг ба завсраас бүрдэх геномын нэг хэсэг юм. Contig болон scaffold хоёулаа дахин бүтээгдсэн геномын дараалал юм.
Контиг гэж юу вэ?
Контиг нь геномын дараалал юм. Энэ нь A, C, G, T сууриудаас тогтсон тасралтгүй цуваа юм. Энэ нь хэд хэдэн жижиг давхардсан ДНХ-ийн битүүдийг илүү урт дараалалд оруулснаар үүсдэг. Энгийнээр хэлбэл, contig нь дарааллын фрагментуудын багц юм. Contig үүсгэх нь дарааллын давхцаж буй төгсгөлүүдийг тодорхойлох орон нутгийн мөр тааруулах болон зэрэгцүүлэх аргад тулгуурлан давхцаж буй дарааллын фрагментуудыг тодорхойлоход оршино.
Contig-д цоорхой байхгүй. Энэ нь шатын нэг хэсэг юм. Шатыг үүсгэх үед контигуудыг гинжээр холбодог. Энэ нь геном дахь контигуудын харьцангуй байрлал, чиглэлийн талаар нэмэлт мэдээлэл шаарддаг. Цоорхой нь контигуудыг шатаар тусгаарладаг. Үндсэндээ контиг угсралт нь бүхэл геномын бууны дараалал тогтоох чухал алхам юм. Контигуудыг эцэст нь бүрэн геномын дараалал болгон угсардаг. Contig угсралт нь ихэвчлэн мөр тааруулах болон дарааллаар тохируулах алгоритмын талаар ойлголт шаарддаг.
Шатан гэж юу вэ?
Шат нь төгсгөлийн дараалал бүхий бүхэл геномын бууны клонуудаас сэргээн босгосон геномын дараалал юм. Бүтцийн хувьд шат нь контиг ба завсраас бүрдэнэ. Тиймээс контигуудыг хооронд нь гинжээр холбож, завсараар нь тусгаарласнаар шатыг бий болгодог. Шатыг бүтээхэд геном дахь контигуудын харьцангуй байрлал, чиглэлийн талаархи мэдээлэл шаардлагатай. Бүхэл бүтэн геномын бууны угсралт нь геномын дараалал бүрийг нэг тавцанд төлөөлөх зорилготой. Гэхдээ энэ нь тийм ч боломжгүй юм. Тиймээс нэг хромосомыг хэд хэдэн шатаар төлөөлж болно. Заримдаа шат нь давхцаж болно. Түүнчлэн, угсралтын явцад зарим шатыг шүүж болно.
Зураг 02: Бүхэл геномын бууны угсралтын тойм
Шатны завсарын урт нь түүний жинхэнэ уртыг харуулахгүй. Ерөнхийдөө цоорхойг дур зоргоороо тодорхой урттай тогтоодог. Иймээс эдгээр цоорхой ба тэдгээрийн уртын тодорхой бус байдал нь геном дахь функциональ элементүүдийн орон зайн бодит хамаарал болон дутагдаж буй мэдээллийн бодит цар хүрээг ойлгоход асуудал үүсгэдэг. Заримдаа цоорхой нь дутуу геномын мэдээллийг илэрхийлдэг.
Contig болон Scaffold хоёрын ижил төстэй зүйл юу вэ?
- Контиг ба шат нь нуклеотидын дарааллаас тогтсон геномын дараалал юм.
- Шатнууд нь контиг ба завсраас бүрдэнэ.
Contig болон Scaffold хоёрын ялгаа юу вэ?
Contig нь дарааллын фрагментуудын багцаас угсарсан тасралтгүй дараалал юм. Үүний эсрэгээр, шат нь контигуудыг хооронд нь гинжлэх замаар сэргээн босгосон геномын дарааллын нэг хэсэг юм. Тэгэхээр энэ бол contig болон scaffold хоорондын гол ялгаа юм. Түүгээр ч зогсохгүй контиг нь цоорхойгүй, харин шатан доторх контиг нь цоорхойгоор тусгаарлагддаг.
Доорх инфографикийн хүснэгтэд контиг ба шат хоорондын ялгааг харуулав.
Хураангуй – Contig ба Scaffold
Бүтэн геномын дараалал тогтоох төслүүдэд контиг ба шат нь хоёулаа дахин бүтээгдсэн нуклеотидын дараалал юм. Contig нь цоорхойгүй A, C, G, T суурийг агуулсан геномын дарааллын тасралтгүй үргэлжлэх хэсэг юм. Шат нь contigs болон цоорхойноос бүрддэг геномын дараалал юм. Тиймээс хамгийн богино угсралтын бүрэлдэхүүн хэсэг нь контиг, харин шат нь контигуудын угсралт юм. Эцэст нь бүхэл геномын дараалалд тулгууруудыг хромосом болгон угсардаг. Тиймээс энэ нь contig болон scaffold хоорондын ялгааг нэгтгэн харуулж байна.
